Sakene forberedes for nemnda av et sekretariat. De ansatte i sekretariatet er jurister.

Sekretariatet forbereder saken for nemnda, og vil eventuelt innhente nye opplysninger dersom dette er nødvendig for at saken skal bli tilstrekkelig opplyst. Nemnda avgjør saken på bakgrunn av sakens dokumenter. Nemnda behandler sakene i møte, og nemnda møtes ca en gang i måneden.

Når nemnda har fattet vedtak i saken, sendes vedtaket til søkeren eller klageren. Nemnda offentliggjør vedtak av prinsipiell betydning. Regler om taushetsplikt ivaretas på vanlig måte.

Når særlige forhold tilsier det (hastesaker), kan vedtak i klagesaker fattes ved skriftlig saksbehandling eller ved telefonmøte. I spesielle tilfeller er det tilstrekkelig at nemndas leder og to av de øvrige medlemmene deltar i avgjørelsen av en klagesak.

Klagesakene behandles etter lov om pasientrettigheter, Forskrift om prioritering av helsetjenester, rett til nødvendig helsehjelp fra spesialisthelsetjenesten, rett til behandling i utlandet og om dispensasjons- og klagenemnd, samt Ot prp. nr. 63 (2002-2003).

Dispensasjonssakene behandles etter lov om humanmedisinsk bruk av bioteknologi m.m. (bioteknologiloven), Forskrift om prioritering av helsetjenester, rett til nødvendig helsehjelp fra spesialisthelsetjenesten, rett til behandling i utlandet og om dispensasjons- og klagenemnd, Dokument nr. 8:41 (2003-2004), Innst. O. nr. 71 (2003-2004).

Saksbehandlingen i nemnda følger forvaltningsloven av 10. februar 1967.

Nemndas vedtak er endelige. Det vil si at de ikke kan påklages videre. Vedtakene kan imidlertid bringes inn for det ordinære domstolsapparatet.